โรคที่สามารถเกิดขึ้นได้กับปลานิล

1. โรคจุดขาวหรือโรคอิ๊ค
2. ปลิงใส
3. Saprolegnia Sp.
4. เห็บปลา
5. หนอนสมอ
6. โรคจากแบคทีเรีย
7. โรค Pseudomonas septicemia

เพื่อให้การป้องกันโรคเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ เกษตรกรควรมีหลักในการปฏิบัติดังต่อไปนี้

1. เน้นการจัดการในช่วงวิกฤติ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ช่วงที่อากาศร้อน ฝนตกติดต่อกันหลายวัน อุณหภูมิ เปลี่ยนแปลงฉับพลัน น้ำหลากหรือน้ำนิ่งเป็นเวลานาน โดยเฉพาะช่วงฤดูร้อนต่อฤดูฝนและช่วงปลายฝนต้น หนาว เกษตรกรสามารถป้องกันการการระบาดของโรคโดยการเสริมวิตามินที่จำเป็น เช่น วิตามินซี (3 - 5 กรัม/อาหาร 1 กิโลกรัม) ร่วมกับการให้ยาปฏิชีวนะ (3 -5 กรัม/อาหาร 1 กิโลกรัม ติดต่อกันเป็นเวลา 5 - 7 วัน จนกว่าสภาวะอากาศจะกลับเข้าสู่ภาวะปกติ

2. ไม่ควรเลี้ยงปลาในอัตราที่หนาแน่นสูง หรือหลีกเลี่ยงการเลี้ยงปลาในบางช่วงเวลา โดยเฉพาะการเลี้ยงในช่วงระยะเวลาวิกฤติ เนื่องจากปลาจะมีความเสี่ยงสูงมากต่อการเกิดโรค นอกจากนี้การปล่อยปลาในอัตราที่หนาแน่นต่ำจะช่วยให้การจัดการสภาพการเลี้ยงทำได้ง่ายขึ้น

3. ระวังการเปลี่ยนแปลงคุณภาพน้ำ หากเป็นไปได้ควรติดตั้งเครื่องให้อากาศเพื่อเติมอากาศในน้ำอย่างต่อเนื่อง ให้เพียงพอต่อความต้องการของปลา โดยเฉพาะช่วงเวลากลางคืนจนถึงช่วงเช้าตรู่ และช่วงฟ้าปิดติดต่อกันหลายวัน
4. เพิ่มแหล่งของเกลือแร่ให้แก่ปลาโดยการเติมเกลือแกง เนื่องจากในช่วงระยะเวลาวิกฤติ ปลาส่วน ใหญ่จะเกิดความเครียดได้ง่าย และอาจส่งผลให้ปลาสูญเสียระบบควบคุมสมดุลของน้ำและเกลือแร่ การให้เกลือ แกงจะเป็นการชดเชยเกลือที่สูญเสียไประหว่างเกิดความเครียด ทำให้ระบบต่าง ๆ ของร่างกายปลาสามารถทำงานต่อไปได้อย่างต่อเนื่อง วิธีการเติมเกลือแกงทำได้โดยใส่เกลือในถุงผ้าแขวนไว้เป็นจุด ๆ ให้เกลือละลายออกมาช้าๆตามขอบบ่อหรือกระชังให้ติดต่อกันจนสภาพแวดล้อมของการเลี้ยงกลับเข้าสู่ภาวะปกติ

5. อย่าใช้ยาหรือสารเคมีอย่างพร่ำเพรื่อ เนื่องจากจะเป็นการสูญเสียค่ใช้จ่ายในการเลี้ยงโดยใช่เหตุแล้วการใช้ยาดังกล่วยังมีผลทำให้เชื้อโรคเกิดการดื้อยา ทำให้เมื่อเกิดโรคแล้ว อาจส่งผลให้การใช้ยาและสารเคมีดังกล่าวไม่สามารถใช้ในการควบคุมโรคได้